Der Prehnit bildet oft Pseudomorphosen mit Apophyllit, d.h., das Mineral Prehnit kristallisiert sich in den Hohlräumen des Minerals Apophyllit. Das Mineral Apophyllit wird später weggelöst und der dadurch entstandene Hohlraum mit Prehnit verfüllt. Dadurch nimmt das Prehnit die äußere Quaderform des früheren Minerals Apophyllit an.